Prawidłowa eksploatacja biologicznych oczyszczalni ścieków opartych na metodzie osadu czynnego wymaga analitycznej kontroli procesu. Istotnym elementem tej kontroli są badania bioindykacyjne, których celem jest identyfikacja zakłóceń procesu oraz źródeł ich powstawania na podstawie wskaźników osadu czynnego. Wskaźnikami procesów i warunków ekologicznych w osadzie czynnym są widoczne pod mikroskopem morfologiczne cechy osadu czynnego takie jak struktura, wielkość i kształt kłaczków osadu czynnego oraz mikroorganizmy biocenozy osadu czynnego. Wśród mikroorganizmów znaczenie indykacyjne mają tzw. grupy funkcyjne tj. drobne wiciowce, ameby nagie i domkowe, orzęski wolnopływające, pełzające i osiadłe oraz wrotki i inne drobne organizmy wielokomórkowe (Metazoa). W ocenie jakości osadu czynnego użyteczne są również cechy osadu do których analizowania nie jest potrzebny mikroskop. Istotne są dające się zaobserwować makroskopowo cechy t.j.: barwa osadu czynnego, jego zapach, właściwości sedymentacyjne i zdolność do wpieniania, a także mętność cieczy nadosadowej. Oparta na badaniu składu występujących w osadzie czyn­nym mikroorganizmów analiza jest niezbędnym, tanim i wiarygodnym narzędziem w praktyce oczyszczania ścieków.